Por consiguiente, las autoridades coloniales decidieron tomar cartas en el asunto y, en 1663, dieron inicio a la construcción del fuerte de la isla de San Juan de Ulúa, proyecto que se continúo ampliando hasta su conclusión en 1746, cuando ya era una considerable muralla con siete Baluartes: Santiago o El Polvorín, San José, Santa Bárbara, San Javier, San Mateo, San Juan y el de La Concepción. Esta fortaleza fue derribada en 1889 y hoy únicamente se conserva el baluarte de Santiago.

Una vez que fue protegido, continuó el desarrollo del puerto más importante de la Nueva España. Por ende, la ciudad fue cuna de una rica burguesía comercial y llegó a ser, para 1778, más próspera que la propia ciudad de México, para la cual Veracruz consistía igualmente un punto clave en su desarrollo. En la época que dieron inicio los ataques al puerto se desencadenó una inestabilidad económica y social en todo el territorio del estado, por lo que se incrementaron considerablemente los asaltos y robos a poblados y diligencias. Esto motivó que, en 1618, se fundara la Villa de Córdoba, en un punto estratégico de la ruta de la Ciudad de México a Orizaba y Veracruz, con la intención de brindar protección a los vecinos y a los viajeros que la utilizaban.

En el año de 1739 se erigió un importante ayuntamiento sobre un asentamiento prehispánico, al cual se le llamó Xalapa, que significa "en arenales". Para 1791, el rey Carlos IV le concedió escudo y título de villa a esta hermosa ciudad que se convertiría en la capital veracruzana. Fue en 1786 cuando el territorio del estado recibió por primera vez el nombre de Veracruz, aunque tuvo que esperar un poco más, hasta 1824, para que se asentara en la Constitución del México Independiente el nombre de: Estado Libre y Soberano de Veracruz.

La población de Veracruz resultó muy sensible a la ideología liberal y republicana, por lo que fue uno de los focos del movimiento independentista mexicano, desempeñando un valioso papel cuando varios grupos de veracruzanos se sublevaron y enfrentaron a las fuerzas provenientes de España, para evitar así que reforzaran a los contingentes del centro del país.